杞菊地黃丸與明目地黃丸在組成和功效上均存在顯著差異。
首先，從藥物組成來看，杞菊地黃丸主要由熟地黃、菊花、枸杞子、山藥、牡丹皮、茯苓和澤瀉等藥材構成。而明目地黃丸則在杞菊地黃丸的基礎上，增加了當歸、白芍、煅石決明以及蒺藜四味藥材，這種組成的差異為兩者的不同功效奠定了基礎。
其次，在功效方面，兩者雖均可治療肝腎陰虛引起的眼部癥狀，如眼睛怕光、雙目干澀、視物模糊以及迎風流淚等，但各有側重。杞菊地黃丸更側重于滋腎益肝，對于肝腎陰虧引起的腰膝酸軟、眩暈耳鳴和睡后異常出汗等癥狀有較好療效。而明目地黃丸則更側重于眼科疾病的治療，對于眼部不適有更強的針對性。