藿香正氣丸可以治療寒濕內盛型腸炎。寒濕內盛型腸炎是以惡心、嘔吐、腹瀉，或長期、反復發作的腹痛等為主要癥狀的疾病，相當于中醫中的泄瀉、腹痛等病癥。一般是由于寒濕邪氣入體，引起小腸泌別清濁的功能失常，導致出現上述癥狀，治療上可以使用具有化濕、散寒作用的藥物。
藿香正氣丸的主要成分有廣藿香、紫蘇葉、白芷、白術、陳皮、半夏、桔梗、茯苓等，其中多種藥物均利于脾胃，諸藥合用，有解表化濕，理氣和中的作用，所以可以用來治療寒濕內盛型腸炎。此外還可用于治療暑濕感冒，主要癥狀為頭痛、身重、胸悶，或惡寒發熱、脘腹脹痛、嘔吐泄瀉等。
而對于飲食不當，如進食不清潔衛生或不新鮮食物，以及食物過敏導致的急性腸炎，一般建議及時就診，應用西藥進行抗菌、抗過敏治療和對癥治療。需注意，服藥需經專業醫生指導，勿自行服用，若患病需及時到醫院就診，以免耽誤病情。