藥物流產是通過使用藥物終止早期妊娠的方法。藥物流產第三天小腹疼可能是子宮收縮、不全流產、感染、子宮內膜炎、盆腔炎等原因引起的，需要及時就醫，遵醫囑進行處理。
1、子宮收縮：藥物作用后，子宮收縮以排出妊娠組織，可引起小腹疼痛。一般疼痛可忍受，伴有少量陰道出血。應注意休息，觀察出血情況。無需特殊藥物治療，若疼痛嚴重可遵醫囑使用對乙酰氨基酚片、雙氯芬酸鈉腸溶片等止痛藥物。
2、不全流產：部分妊娠組織殘留可導致小腹疼痛，出血時間延長、出血量增多。應及時就醫，進行超聲檢查。若確診不全流產，可能需要清宮術。手術原理是通過手術器械將殘留的妊娠組織清除，避免感染和出血?？勺襻t囑使用益母草膏、新生化顆粒等促進子宮收縮恢復，口服頭孢克肟膠囊等預防感染。
3、感染：藥物流產后感染可引起小腹疼痛，可伴有發熱、白帶異常等癥狀。應在醫生指導下使用抗生素，如阿莫西林膠囊、左氧氟沙星片等藥物治療，起到抗菌消炎的作用。
4、子宮內膜炎：子宮內膜發炎可導致小腹疼痛，可伴有下腹墜脹、發熱等癥狀。應在醫生指導下使用阿奇霉素分散片、甲硝唑片等藥物治療，還可使用少腹逐瘀丸等促進子宮恢復。
5、盆腔炎：藥物流產后引發盆腔炎，疼痛可放射至小腹，可伴有下腹疼痛、發熱等癥狀。應在醫生指導下使用注射用頭孢曲松鈉、甲硝唑注射液等藥物治療，起到抗菌消炎的作用。
在日常生活中，藥物流產后要注意休息，避免過度勞累。保持外陰清潔，禁止性生活和盆浴一段時間。飲食上要均衡營養，增強身體抵抗力。