突然驚醒頭特別疼可能是睡眠質量不佳、阻塞性睡眠呼吸暫停低通氣綜合征、高血壓等因素導致，建議患者及時到醫院神經內科就診，完善核磁共振等檢查，以明確診斷。
1、睡眠質量不佳：如果睡覺時經常做夢或心理壓力過大，都可能會導致腦神經過于興奮，腦神經長時間興奮無法放松就會導致人驚醒后頭感覺特別疼，還可能會伴有惡心等癥狀，建議改善心理狀態，調整作息時間。
2、阻塞性睡眠呼吸暫停低通氣綜合征：頭頸部肌肉松弛、肥胖等原因都可能會導致患者在睡眠中呼吸道不暢通，或睡眠中呼吸暫停時間過長，而睡眠中呼吸暫停就會導致體內儲存過多二氧化碳，導致顱內血管擴張，驚醒后出現頭特別疼的癥狀，還可能會出現打鼾、睡中憋醒等癥狀，建議及時到醫院針對病因進行手術治療。
3、高血壓：生活方式、遺傳等因素都可能會導致血液對血管的壓力增高，導致患者出現高血壓的癥狀，而高血壓會對腦部供血造成影響，從而導致患者驚醒后出現頭疼的癥狀，還可能會伴有頭暈等癥狀，建議遵醫囑使用拉西地平片、纈沙坦膠囊等藥物進行針對性治療。
除上述因素外，頸椎病、腦梗死、蛛網膜下腔出血等疾病也可能會導致患者出現突然驚醒后特別頭疼的癥狀，需積極治療。