土豆燉西紅柿對人體本身無危害，土豆中富含一定的淀粉、膳食纖維，可以增加飽腹感，促進消化，預防便秘。西紅柿中含有豐富的維生素C、微量元素、番茄紅素等營養成分。兩者同食可以增加食欲、緩解疲勞、補充體力等，適量食用土豆燉西紅柿對人體有好處。但大量的食用土豆燉西紅柿可能會造成人體消化不良，引起腹脹、腹瀉等癥狀。
平時需注意不要進食發芽的土豆，因為發芽的土豆可產生神經毒素龍葵堿，人體攝入過多會引發嘔吐、腹瀉等癥狀，嚴重時甚至威脅生命。此外，選擇西紅柿時需注意選擇自然成熟的，以及顏色并非全青的西紅柿，因為全青的西紅柿含有番茄堿，如果大量食用，會出現胃腸道不良反應，如嘔吐、惡心等。另外，腐爛的土豆和西紅柿中含有大量的毒素，進食后可能會引起食物中毒。若對土豆或西紅柿過敏，則不能吃土豆燉西紅柿，以防加重過敏癥狀。