陳皮屬于中藥理氣藥的范疇，其性溫，味苦、辛，具有理氣、健脾和胃、燥濕化痰的功效。木棉花性涼，味甘，具有清熱、祛濕、解毒、止血的功效。因此，木棉花陳皮水的主要功效是益氣、健脾、祛濕、解毒、止血。
陳皮用于緩解脾胃氣滯引起的脘腹脹滿、嘔吐、腹瀉、不思飲食等癥狀，對于痰濕之邪阻滯脾胃引起的惡心、嘔吐、呃逆等癥狀，以及痰濕之邪雍滯于肺引起的咳嗽、痰多、氣喘等表現，均有較好的治療效果。研究表明，陳皮中含有揮發油的成分，對于消化道有溫和的刺激作用，能夠促進胃液分泌，有助于消化，同時又能夠刺激呼吸道黏膜，局部分泌物增多后可起到稀釋痰液的作用，有利于排痰，并且能夠擴張支氣管，具有平喘的作用。木棉花用于體內熱血引起的各種上火癥狀，如咽喉腫痛、口舌生瘡、目赤、腫痛等，以及痤瘡、癰癤、癢瘡等癥狀，具有解毒作用，且對體內有水濕之邪引起的肢體沉重、困倦或肢體浮腫的表現，有較好的去濕功效，同時木棉花有一定的止血作用，可以輔助治療鼻腔出血、咳血、吐血，以及女性崩漏等癥狀。
木棉花陳皮水具有較好的健脾祛濕、解毒止血、潤肺止咳的作用，但對花粉過敏者不要飲用木棉花陳皮水。建議在日常生活中清淡飲食，不要吃辛辣刺激性食物。