一般情況下，孕早期孕酮低、有褐色分泌物可能是先兆流產、胚胎停止發育等因素引起的，建議患者根據自身情況，選擇合適的方式來處理。具體分析如下：
1.先兆流產：孕早期孕酮低、有褐色分泌物通常是先兆流產的常見表現，也可能會引起腹部疼痛、陰道少量出血等癥狀。建議患者在醫生的指導下服用黃體酮膠囊、千金保孕丸等藥物進行治療，并多臥床休息，保持良好的心情。
2.胚胎停止發育：懷孕早期孕酮低、有褐色分泌物也可能是胚胎停止發育引起的，一般與染色體出現異常有關。通常需要及時終止妊娠，患者可以在醫生的指導下服用米非司酮片、米索前列醇片等藥物進行藥物流產，或是通過無痛人工流產術進行處理。