一般情況下，如果小兒牙本質生長不全綜合征癥狀較輕，通常不用特別進行治療，如果小兒牙本質生長不全綜合征癥狀較重，可以通過牙齒修復手術、拔牙合并義齒安裝等治療方法進行治療。
1.牙齒修復手術：如果小兒牙本質生長不全綜合征癥狀較重，可以遵醫囑及時通過牙齒修復手術來進行治療，但由于牙本質生長不全時牙齒本身硬度不足，單獨進行局部修復的治療效果可能會不夠明顯，并且牙齒在承受壓力可能易根折。
2.拔牙合并義齒安裝：如果小兒牙本質生長不全綜合征癥狀較重，小兒出現了全口牙齒病變，可以通過拔牙合并義齒安裝的方式進行治療。