灰指甲是真菌感染引起的，藿香正氣的主要成分是藿香、陳皮、大腹皮等其他中藥成分，雖然含有一定的酒精，只適用于濕疹等皮膚病，但是也不能達到治標的目的，只能起到緩解的作用。藿香正氣水中沒有抗真菌的成分，最多也起到局部消毒的作用，因此藿香正氣水是不能治療灰指甲的。人們在借助抗菌藥物治療灰指甲時，不可擅自用藥。若長期使用藿香正氣水治療灰指甲，很容易讓酒精對皮膚造成二次損傷，加重灰指甲的病情。