牙齦炎病因復雜，比如口腔內衛生不良、牙菌斑及局部異物、內分泌功能紊亂、吸煙、系統疾病等。
1、口腔內衛生不良：是主要病因，因引起牙菌斑，牙結石和軟垢粘附沉積于齦緣周圍，而引起牙齦炎。
2、牙菌斑及局部異物：例如牙結石，長時間機械刺激，是牙齦炎發病的重要原因。齦緣周圍牙面積聚牙菌斑為牙齦炎始動因子。菌斑微生物或其產物在牙齦上作用時間較長，會先使牙齦發生炎癥反應，然后使人體產生免疫應答反應。故菌斑為主要始動因子。
3、內分泌功能紊亂：在牙齦炎的發生、發展過程中起著最主要作用。牙齦為某些性激素靶器官，牙齦成纖維細胞內含有特異性雌激素及睪丸素受體。女性生理及非生理條件下激素水平改變可使牙周組織發生顯著變化，特別是原有菌斑對牙齦有嚴重誘導性時。青春期牙齦炎亦有相似機理。
4、吸煙：吸煙是引起人類多種疾病的重要原因，屬個人行為因素之一。
5、系統疾病：例如糖尿病，中性粒細胞異常，艾滋病的病人較易患牙齦炎。