像其他的抗感染藥物治療一樣，多數(shù)非典型分枝桿菌對(duì)抗結(jié)核藥物耐藥，故至今推薦的藥物治療方案 憑經(jīng)驗(yàn)來(lái)選擇。為了治療的需要，首先必須制定一段觀察期來(lái)確定病人的穩(wěn)定程度，決定最佳治療時(shí)機(jī)。

　　對(duì)壞死組織進(jìn)行局部和全身抗結(jié)核藥物治療，可能對(duì)治療分枝桿菌性鞏膜炎和角膜炎有效。藥物治療可考慮分3個(gè)級(jí)別：一級(jí)采用三重藥物方案，包括異煙肼(isoniazid)、利福平(rifampin)、乙胺丁醇(ethambutol)，至少治療1年以上，該方案適用于鞏膜炎病變穩(wěn)定，分枝桿菌持續(xù)培養(yǎng)陽(yáng)性者。二級(jí)治療包括上述3種藥物，每天加鏈霉素(streptomycin)至少1年。當(dāng)開始治療證明有效后，鏈霉素可減至每周2～3次，該治療方法適用于鞏膜炎呈慢性進(jìn)展的，對(duì)一級(jí)治療無(wú)反應(yīng)或中止一級(jí)治療后復(fù)發(fā)。三級(jí)治療聯(lián)合5～6種藥物，二級(jí)藥物加用頭孢噻吩(cefoxitin)、乙硫異煙肼(ethionamide)、環(huán)絲氨酸(cycloserine)、米諾環(huán)素(minocycline)、磺胺甲基異惡唑(sulfamethoxazole)和其他利福平衍生物。更合理的治療方案依賴體外藥敏試驗(yàn)。