像其他的抗感染藥物治療一樣，多數非典型分枝桿菌對抗結核藥物耐藥，故至今推薦的藥物治療方案 憑經驗來選擇。為了治療的需要，首先必須制定一段觀察期來確定病人的穩定程度，決定最佳治療時機。

　　對壞死組織進行局部和全身抗結核藥物治療，可能對治療分枝桿菌性鞏膜炎和角膜炎有效。藥物治療可考慮分3個級別：一級采用三重藥物方案，包括異煙肼 (isoniazid)、利福平(rifampin)、乙胺丁醇(ethambutol)，至少治療1年以上，該方案適用于鞏膜炎病變穩定，分枝桿菌持續培養陽性者。二級治療包括上述3種藥物，每天加鏈霉素(streptomycin)至少1年。當開始治療證明有效后，鏈霉素可減至每周2～3次，該治療方法適用于鞏膜炎呈慢性進展的，對一級治療無反應或中止一級治療后復發。三級治療聯合5～6種藥物，二級藥物加用頭孢噻吩(cefoxitin)、乙硫異煙肼(ethionamide)、環絲氨酸(cycloserine)、米諾環素(minocycline)、磺胺甲基異惡唑 (sulfamethoxazole)和其他利福平衍生物。更合理的治療方案依賴體外藥敏試驗。