后肩胛骨痛可能是生理性原因引起的，也可能是病理性原因引起的。
后肩胛骨疼痛主要是因為頸椎病造成的頸椎間盤突出，壓迫或刺激了神經根，造成肩胛骨位置的放射痛，肌筋膜炎會表現為肩胛骨區域的肌肉痛，也會有明顯的壓痛點，比如肩胛骨和關節部位的疼痛。此外，也會因為甲狀腺功能亢進，老年雌激素不足，糖皮質激素過量而造成的骨質疏松。