目前Maffucci綜合征尚無特異有效的治療方法，臨床主要是以減輕癥狀、緩解疼痛為主，此外，早期發現惡變并且及早治療也是治療的關鍵，治療方法主要有藥物治療、手術治療和其他治療。一、藥物療法
1、解熱鎮痛類的藥：主要用于減輕疼痛、不適等。阿司匹林、布洛芬等輕度或中等程度的痛苦，可以服用嗎啡、哌替啶等。還要注意正確的用藥，以防止出現吸毒上癮的情況。
2、抗生素治療：常用頭孢菌素，如阿莫西林、頭孢哌酮、頭孢曲松、頭孢哌酮等，能有效地控制細菌的繁殖和傳播。
3、免疫增強劑：增強人體的非特異性免疫功能，常見的有胸腺肽、細胞因子等，能夠活化多種免疫細胞，促進免疫功能，起到抗癌、抗炎癥等的效果。
4、微生態制劑：主要用于修復腸道微生態平衡，重建腸道天然屏障，促進腸道功能的修復。
二、手術治療
1、病灶摘除、植骨術：主要是為了盡可能地將病灶組織切除，同時利用正常的骨骼來修復受損的骨頭，以恢復其原有的功能，同時還可以有效地預防病理性骨折，避免病情惡化，避免腫瘤的再發和轉移。
2、血管瘤手術：治療血管瘤，其作用是將血管內的異常血管組織剝離，以預防繼發性出血、感染等一系列并發癥。
三、其它療法
對于血管瘤，可以使用硬化劑等進行注射，其作用是破壞細胞膜，使其發生繼發炎，進而導致肌化血管瘤，預防出血及病灶擴大。酒精類是目前臨床上比較常見的一種硬化劑，它具有快速、短時間疼痛、持續時間長的特點。