胎兒乙醇綜合征至今尚無專門療法，因其對中樞神經系統損傷是不可逆轉的，無論哪種療法都不能提高兒童體格，運動和智力等各方面的發育，故預防比治療更具有重要意義。
對于出現新生兒乙醇撤藥綜合征的患兒，表現為啼哭明顯，激惹強烈，吸吮力較差，活動度過大，驚厥較多，可采用苯巴比妥片進行對癥處理，合并畸形的患兒如短眼裂，鼻短及上頜平坦的患兒可選擇手術矯形處理。