一般來說，嬰兒肉毒中毒綜合征要做病原學檢查、毒素試驗等檢查。
嬰兒肉毒中毒綜合征需要做病原學檢查，通常是將可疑食物、嘔吐物或排泄物進行厭氧菌培養。嬰兒肉毒中毒綜合征還要做毒素試驗，比如動物試驗、中和試驗、禽眼接種試驗等，可以進行診斷，還可以判斷毒素和定型。如果確診，應該及時進行治療，以免影響身體健康。