嬰兒肉毒中毒綜合征的治療方法有一般治療、藥物治療等。
1.一般治療：當嬰兒出現嬰兒肉毒中毒綜合征的時候，可用5%碳酸氫鈉或1：4000 高錳酸鉀溶液洗胃，清除攝入的毒素。對沒有腸麻痹者，可應用導瀉劑和灌腸排除腸內未吸收的毒素。
2.藥物治療：嬰兒肉毒中毒綜合征可通過使用抗毒素、甲氧芐啶-磺胺甲惡唑、乳果糖、益生菌等藥物進行治療。