不同的口腔粘膜病治療方法不同。
例如：口腔潰瘍需要補充增強免疫力的藥物。若為口腔念珠菌感染，則需要抗真菌治療，并配合藥物治療。此外，扁平苔蘚病的局部用藥和口服用藥是不同的藥物，需要進行區分。口腔紅斑和口腔白斑可能需要進行切除化驗。
建議平時用一些激素類的藥物、免疫調節類的藥物，或者多吃水果、蔬菜，避免一些刺激。