一般情況下，小兒選擇性IgA缺乏癥的治療方法有藥物治療。
小兒選擇性IgA缺乏癥多數可自然痊愈，常在5歲以內IgA水平達到正常，無特效治療方法，適當抗感染治療為主，免疫增強劑，如黃芪、克雷白桿菌糖蛋白提取物、轉移因子口服溶液、重組細胞因子等促進IgG亞類產生的效果還需進一步證實。在發生感染時，應給予適當抗感染藥物繼發性IgG亞類缺陷者，應針對原發病因進行治療，如營養紊亂者經矯正后，即可恢復正常。