通常情況下，慢性潰瘍性非肉芽腫性空腸回腸炎的治療方法有藥物治療、手術治療等。
1.藥物治療：抗生素對非肉芽腫性空腸回腸炎的治療效果不佳。潑尼松在治療患者的癥狀改善上有一定的療效，但其遠期療效尚不清楚。但如果長期大量使用潑尼松，會導致庫欣氏綜合癥，如果合并肝腎功能不全，不宜長期大量使用。
2.手術治療：手術治療一般是指腸道部分切除術，能夠有效的切除潰瘍。