通常情況下，慢性潰瘍性非肉芽腫性空腸回腸炎會出現慢性腹瀉、腹痛、發熱、消瘦等癥狀表現。
1、慢性腹瀉：一般在嬰兒期就會出現腹瀉，一般表現為稀水樣，逐漸發展成持續性的慢性腹瀉。
2、腹痛：由于空腸、回腸有多處潰瘍，故可出現腹痛。如果出現并發癥，如有出血、穿孔等，可能會出現腹膜刺激征象。
3、發熱、消瘦：空腸、回腸潰瘍伴有出血、穿孔等癥狀，會引起發熱、食欲減退，從而造成消瘦、消化不良。