慢性牙周炎的治療需要通過全面清除菌斑、牙石等病原刺激物，以消除牙齦炎癥，使牙周袋變淺，并改善牙周附著水平，因此需要根據病情選擇相應的治療方案，包括一般治療、藥物治療和手術治療等。
1、治療慢性牙周炎的有效手段在于消除致病因素，從而實現對大多數患者的控制。用碘仿紗條填塞以減輕炎癥反應并促進其愈合，最后用牙貼膏固定或粘接修復患牙。通過進行口腔清潔手術，清除牙齦上和牙齦下的牙石，同時進行根面平整術，以刮除那些暴露在牙周內含有大量內毒素的病變牙骨質。這樣的做法有助于促進根面上牙周支持組織的再生，從而保護牙周組織的完整性；
2、藥物療法可選用甲硝唑、替硝唑、阿莫西林等藥物，但僅限于作為輔助治療措施。對于患有一系列系統性疾病，如糖尿病、貧血等的慢性牙周炎患者，積極治療炎癥、控制全身疾病，有助于促進牙周組織的康復；
3、針對不同的病情，建議在進行牙周基礎治療后6-8周進行復查，若發現仍有≥5mm的牙周袋殘留，且探診時仍有出血，或某些部位的牙石難以完全清除，此時可以考慮進行牙周翻瓣手術。