腸道感染后反應性關節炎的治療方法主要是以手術為主。
反應性關節炎是關節外感染誘發的關節炎癥，并不是病原體直接感染關節所致。而非甾體類抗炎藥可用于緩解癥狀。嚴重病例可短期全身使用糖皮質激素或局部用糖皮質激素封閉。同時針對感染菌使用抗生素，但對關節炎的癥狀和預后無影響。
此外，腸道感染后反應性關節炎的預后通常較好，可能和后者重復感染的機會較少有關。