灰指甲可以通過外涂、內服、手術等方式來去除。
灰指甲分為淺表性、遠端甲下型、近端甲下型和全甲損毀性，近端甲下型和全甲損毀型的灰指甲多涉及到甲的生長中心——甲母質。就算是拔掉了，灰色的指甲也會重新長出來。因此，現在臨床上主要是用小刀或者指甲銼，緩慢的將指甲一點一點的拔除，最后用藥物進行治療。
西藥中有一些抗真菌的藥物，可以外用，也可以內服，比如南美舒、伊曲康唑口服液、大扶康膠囊等藥物，治療效果一般都不錯。