偶爾一次用棉花枕頭睡覺一般沒有明顯危害，如果長期使用棉花枕頭睡覺，可能會出現頸椎病、過敏等的危害。倘若出現以上癥狀，建議及時在醫生的幫助下進行治療。
1、頸椎病：
棉花是農業栽培的植物，因質地比較柔軟，有較好的保暖性，常作為枕頭、衣物、棉被的填充物。但要注意，棉花經過加工后又稱為棉纖維，具有拉伸性、在外力的作用下容易出現纖維塊體變形的特點。
所以如果用作棉花枕頭回彈性比較差，長期使用可能會導致頸部高度發生改變，導致頸椎的椎間盤退行性變，或者出現繼發性椎間關節退行性變等頸椎病，從而造成頸部脊髓、神經、血管等受到刺激或壓迫，出現頭暈、惡心、耳鳴、偏頭痛的癥狀；
2、過敏：
棉纖維是管狀結構，含有中空的胞腔，可以儲存水分，過度潮濕的環境是細菌存活的重要條件，再加上人體皮膚的螨蟲、汗液的堆積，若未時常對棉花枕頭進行日光暴曬、高溫消毒，長期使用棉花枕頭睡覺可能會出現螨蟲過敏的危害，出現頻繁打噴嚏，或出現蕁麻疹，導致皮膚瘙癢癥狀。
倘若因棉花枕頭出現頸椎病、過敏的癥狀，可通過CT，或者MRI檢查進行頸椎病的診斷，或者通過血清塵螨特異性抗體檢測確定是否為螨蟲過敏。在選擇枕頭時，要考慮人體的脊柱的生理彎曲，聽從專業人士指導，選擇適合自己枕頭，保證良好的睡眠。
