腦瘧疾主要的癥狀會表現為寒戰、高熱、顱內壓增高、神經系統癥狀、癲癇發作等癥狀，要根據具體的嚴重程度盡早決定治療方案，控制病情的發展，防止后期產生神經功能障礙的后遺癥。
1、寒戰、高熱：腦瘧疾多由瘧原蟲感染引起，可刺激機體體溫調節中樞，出現寒戰、高熱的癥狀，常伴有大量出汗；
2、顱內壓增高：腦瘧疾容易侵犯腦組織，甚至出現腦積水的問題，從而導致顱內壓增高，所以患者會出現頭痛、嘔吐以及惡心的癥狀；
3、神經系統癥狀：由于腦瘧疾容易侵犯腦組織，所以會引發神經功能障礙的問題，患者會出現反應遲鈍、譫妄、昏迷等癥狀，甚至出現說話不清楚的言語功能障礙；
4、癲癇發作：腦瘧疾容易刺激腦神經元導致大腦異常放電，所以會出現癲癇發作的癥狀，患者會突然出現身體抽搐，伴隨口吐白沫。
確診腦瘧疾之后，需選擇復方奎寧注射液、磷酸氯喹片等藥物進行治療，抑制瘧原蟲，后期可以選擇應用營養神經的藥物以及抗癲癇的藥物治療，如單唾液酸四己糖神經節苷脂鈉注射液、氯硝西泮片等，盡可能提高患者的生活質量。恢復的過程中，注意多吃蛋白質、維生素含量較豐富的食物，以免缺乏營養影響恢復。