真菌感染和細菌感染的區別主要為致病菌不同、引起的疾病不同、臨床表現不同、用藥不同，具體情況如下：
1.致病菌不同：引起細菌感染常見的病原菌是金黃色葡萄球菌、鏈球菌、大腸桿菌、沙門菌、綠膿桿菌等；真菌感染的致病菌有霉菌、念珠菌、毛癬菌等。
2.引起的疾病不同：通常情況下，細菌感染可以引起毛囊炎、肺結核、流行性腦脊髓膜炎、癤癰等；真菌感染主要以癬為主，比如手足癬、頭癬、甲癬、體癬等，同時念珠菌性陰道炎也屬于真菌感染性疾病。
3.臨床表現不同：細菌感染以局部紅、腫、熱、痛為主，有時還會伴隨著高熱的癥狀；真菌感染可以引起紅斑、丘疹、脫皮、皮膚瘙癢等癥狀。
4.用藥不同：細菌感染使用抗生素治療，如青霉素、阿莫西林、紅霉素、阿奇霉素等；真菌感染則需要使用抗真菌藥物，如特比萘芬、伊曲康唑、克霉唑、酮康唑、咪康唑、益康唑等。