六君子丸和二陳丸的區別通常是組成成分不同、功效側重不同、適用人群不同、治療病癥不同、作用機制不同等，患者應在中醫醫師的指導下用藥。
1、組成成分不同：六君子丸主要由黨參、白術、茯苓、半夏、陳皮、炙甘草組成。二陳丸則由陳皮、半夏、茯苓、甘草組成。
2、功效側重不同：六君子丸側重于補脾益氣、燥濕化痰等，主要功效是燥濕化痰、理氣和胃等。
3、適用人群不同：六君子丸更適合脾胃虛弱且有痰濕的人群，尤其是體質較弱、容易疲勞、消化功能不佳者。二陳丸則對單純痰濕內阻，胃失和降的患者更為適用。
4、治療病癥不同：六君子丸常用來治療慢性脾胃病，如慢性胃炎、胃及十二指腸潰瘍等屬脾胃虛弱兼痰濕者。二陳丸則多用于治療咳嗽、痰多、胃脘脹滿等病癥。
5、作用機制不同：六君子丸通過補脾益氣來增強脾胃功能，從而改善痰濕的產生。二陳丸主要是通過化解已形成的痰濕，調理氣機來發揮作用。
患者在用藥期間需要多休息，避免勞累，盡量保持良好的情緒。