二陳丸和二妙丸在字面上僅有一字之差，但是兩種藥物并不相同。二陳丸和二妙丸的區別在于藥物組成不同、功效不同，以及主治疾病不同，患者需要在醫生指導下選擇用藥。
1、組成不同、功效不同：二陳丸主要由半夏、茯苓、陳皮、甘草等藥物組成，具有燥濕化痰、理氣和胃的功效。二妙丸由蒼術、黃柏組成，具有燥濕清熱的功效；
2、主治疾病不同：二陳丸主要用于改善體內濕痰引起的咳嗽痰多、胸膈痞悶、惡心、嘔吐、身體沉重、困倦、頭暈目眩、心慌等癥狀。二妙丸主要用于改善濕熱下注引起的下肢痿軟無力，以及足膝部紅、腫、熱、痛，或女性白帶色黃、有異味、量多，還有下肢癰、癤、瘡、瘍等。從具體的主治疾病上來看，二陳丸主要適用于治療體內有痰濕之邪引起的各種不適癥狀，二妙丸則適用于治療濕熱之邪影響到下肢所出現的癥狀。
患者在服用上述藥物時，應忌煙酒，忌辛辣、油膩、腥發的食物，以免影響疾病的恢復。有高血壓、心臟病、肝病、糖尿病、腎病等慢性病患者，應在醫師指導下使用藥物，避免自行用藥，以免用藥不當引起不良后果。