嬰兒益生菌一般指嬰幼兒益生菌，吃了通常不會便秘，少部分人可能會便秘，具體情況因人而異，出現不適者建議及時就醫診治。
益生菌兩大家族包括乳桿菌屬和雙歧桿菌屬，其中乳桿菌對嬰幼兒的作用與成人基本相似，而雙歧桿菌對嬰幼兒有著重要的意義。在母乳中也發現了雙歧因子，母乳中的雙歧因子是由含N-己酰葡萄糖糖胺的多糖組成。嬰幼兒適當補充益生菌，有助于腸道菌群保持正常，增強胃腸道功能，一般不會引起便秘的情況。
嬰幼兒益生菌可為嬰幼兒腸道迅速建立和保持正常菌群，在補充益生菌后，嬰幼兒出現腹痛、腹瀉等胃腸道不適癥狀的概率相對較小。并且益生菌還能增強胃腸道功能，增強消化，所以通常不會導致便秘。但是，如果過度補充益生菌，導致腸道菌群失調，可能會引起胃腸道不適，表現為腹痛、腹瀉、綠色便等，少部分人可能會出現便秘。
需要注意的是，引起便秘的因素很多，不一定是因為補充益生菌所致，暴飲暴食、飲食不當、腸套疊等因素，都可能會導致便秘。如果便秘嚴重，建議就醫完善體格檢查、腹部CT等相關檢查，明確病因后采取針對性治療。