通常情況下，小手術一般多指微創手術，而女性尿道囊腫手術屬于微創手術，且手術風險不大，不必過于擔心。多數女性在術后1周左右拔除導尿管，大概1個月痊愈，通常預后較好。
女性尿道囊腫手術一般是在局部麻醉或半身麻醉下進行操作，經陰道進行切口，手術過程多無疼痛感，皮膚表面無創口，術后恢復快，屬于小手術。但由于尿道旁腺開口于尿道，常會引起尿道破裂，多數不嚴重。手術后會留置導尿管，由于傷口和導尿管會有一定的摩擦，此時可能會出現輕微疼痛感，多數女性可以忍受。若患者為未婚女性，手術可能會損傷處女膜，術后應注意局部衛生，避免造成感染，對病情恢復不利。
此外，并非所有尿道囊腫都要手術治療，若囊腫較小，且癥狀不明顯，可以遵醫囑定期復查即可。若出現尿頻、尿急、尿痛以及梗阻性癥狀等情況，則建議及時手術治療，以免耽誤病情。