新生兒第三天哭鬧不止的原因可能多種多樣，可能是生理性原因，也可能存在呼吸道疾病、胃腸道疾病等病理性原因，具體需要根據新生兒的表現進行分析，明確病因后進行針對性治療。
一、生理性原因：新生兒由于饑餓、驚嚇、排便、排尿等生理反應，或者感覺寒冷、穿衣服不當以及缺乏安全感等，都可能出現不適癥狀，在生理需求難以滿足時，會用哭鬧來表現，所以會導致新生兒第三天哭鬧不止的現象。
二、病理性原因：1、呼吸道疾病：如鼻塞、流鼻涕等情況，由于呼吸道感染導致新生兒局部出現身體不適，特別是鼻部出現呼吸不通暢的問題，就會引發新生兒第三天哭鬧不止的現象；
2、胃腸道疾?。河捎谛律鷥簞偝錾?，其消化系統還處于不成熟狀態，很容易出現胃腸脹氣的情況，從而可能會導致腸絞痛，使局部平滑肌出現強烈收縮，從而刺激神經系統功能，就會表現為新生兒第三天哭鬧不止的癥狀；
3、其它方面：如繼發尿布皮炎、口腔炎癥等疾病，會導致新生兒身體不適，表現為局部疼痛、紅腫等癥狀，而新生兒在感覺到疼痛時，會刺激神經系統出現反應，就會表現為新生兒第三天哭鬧不止的情況。
如果出現新生兒第三天哭鬧不止的情況，建議家長要先給予初步調整，包括喂奶或者更換紙尿褲，也要調整新生兒所處的環境溫度，注意新生兒的保暖和護理工作。如果哭鬧持續不見緩解，需要及時去醫院請醫生確診情況，進行針對性治療。