睡一覺起來下面很痛一般是指睡一覺起來外陰或者陰莖很痛，如果是女性睡一覺起來外陰很痛，可能是陰道炎、懷孕、尿路感染、外陰損傷等原因導致。如果是男性睡一覺起來陰莖很痛，大多是由龜頭炎或前列腺炎等原因造成，可根據不同的原因選擇合適的治療方式。
一、女性：1、陰道炎：如果不注重個人衛生可使病原菌進入陰道引起炎癥，炎癥刺激會造成陰道分泌物增多、陰道燒灼感或疼痛，女性可以在醫生指導下應用阿莫西林膠囊、阿奇霉素片、甲硝唑片等藥物進行治療。
2、懷孕：如果女性處在孕期，由于孕期體內激素水平升高，可造成外陰局部循環不暢，引起這種外陰脹痛，另外子宮增大也會壓迫到外陰導致疼痛，一般不用特別擔心，孕期結束后癥狀就會緩解。
3、尿路感染：如果女性不注意私處衛生或者長時間憋尿，可導致尿路上皮組織受到細菌感染，在排尿時尿液會刺激到外陰，從而出現疼痛，女性需遵醫囑應用鹽酸左氧氟沙星膠囊、三金片等藥物進行治療。
4、外陰損傷：如果女性外陰受到外力撞擊可導致損傷，由于睡覺時內褲或衣物會摩擦到局部，也可引起女疼痛，此時女性應到醫院進行消毒處理，以免發生感染。
二、男性：1、龜頭炎：如果男性穿化纖內褲或者不注意局部衛生可造成細菌滋生，引起炎癥反應，在炎癥的刺激下會造成陰莖疼，男性可遵醫囑應用鹽酸左氧氟沙星膠囊、頭孢地尼片等藥物進行治療。
2、前列腺炎：可能是不注重性生活衛生、飲酒、嗜辛辣飲食、憋尿、久坐等原因導致，可出現排尿異常、骨盆區疼痛或不適、性功能障礙、發熱、寒戰等全身癥狀，前列腺附近神經很多分布，炎癥刺激導致神經反射，造成會陰局部疼痛，男性平時需要多喝水，注意休息，可以在醫生指導下應用硫酸妥布霉素注射液等藥物進行治療，必要時需行前列腺穿刺排膿術。
除了以上原因外，包皮龜頭炎等也可導致該癥狀，建議男性到醫院男科就診，女性到醫院婦科就診，并進行視診、婦科檢查等明確診斷。