角膜上皮手術可能會有后遺癥，具體的后遺癥需要根據角膜上皮手術的手術類型進行判斷，常見的手術有激光手術、角膜移植手術、角膜清創縫合手術。
1、激光手術：對角膜進行激光手術，因體質、術后護理等因素的影響，常見后遺癥是屈光回退，多表現為術后一段時間近視再次加重。
2、角膜移植手術：對角膜進行移植后，周邊會有留下縫線，此時屈光力不等，可能會造成散光。縫線位置沒有注意衛生護理，可能會造成感染，甚至可能造成眼瞼炎、白內障、青光眼等疾病。
3、角膜清創縫合手術：角膜出現外傷后，需進行角膜清創縫合手術。術后角膜會遺留瘢痕，甚至有縫線。縫線可能會導致眼睛干澀，同時因為瘢痕的產生，可能會造成視力下降。