早上一起來肚子就疼可能是饑餓、暴飲暴食等非病理因素，或者胃潰瘍、急性腸炎等病理因素導致的，建議對癥治療。
一、非病理因素
1、饑餓：部分患者為了減肥，經常不吃晚飯，次日早上起來時，胃腸道內的食物通常已經被完全消化，可能會因過于饑餓而出現腹部疼痛、全身乏力等癥狀。建議注意立即進食，還需要調整飲食，一日三餐盡量按時吃飯。
2、暴飲暴食：如果在早上起床后立即吃生冷寒涼或者辛辣刺激的食物，也可能會刺激胃腸道黏膜，致使出現腹部疼痛、腹瀉等癥狀。建議改善飲食習慣，盡量保持早餐清淡，可以在晨起后喝一杯溫水。
二、病理因素
1、胃潰瘍：如果是在早餐后出現腹部脹痛的癥狀，平時也經常出現餐后飽脹、噯氣、反酸等癥狀，則可能是胃潰瘍導致的。通常建議按醫囑使用奧美拉唑腸溶片、蘭索拉唑腸溶片、鹽酸雷尼替丁片等藥物進行治療。
2、急性腸炎：如果患者的脾胃較弱，在睡前還吃了大量的刺激性的食物或者睡覺沒有蓋被子，致使腹部受涼，晨起后急性出現腹痛、腹瀉等癥狀，可能與急性腸炎有關。一般需要按醫囑使用蒙脫石散、復方黃連素片、醋酸潑尼松龍片等藥物進行治療。
此外，慢性胃炎、急性闌尾炎等都可能會導致腹痛，建議對癥去消化內科、普外科、急診科等科室就診。