肛門上面有個小凹洞通常是藏毛竇、毛囊炎、肛周膿腫等因素導致的，需要對癥進行治療。
1、藏毛竇：在胚胎發育過程中，尾骨會逐漸退化縮短，位于臀溝內，從而形成凹洞，稱為藏毛竇，屬于正常的生理現象，不用過于擔心，也不需要進行特殊處理。
2、毛囊炎：毛囊炎是以毛囊受累為主的炎癥性皮膚病，主要由金黃色葡萄球菌引起。若肛門上面出現毛囊炎，病情嚴重時膿皰可能會破裂、潰爛，形成凹陷的小洞，還可能伴隨有瘙癢、疼痛等癥狀。需要在醫生的指導下使用夫西地酸乳膏、鹽酸克林霉素凝膠等藥物來治療，能減輕炎癥。
3、肛周膿腫：肛周膿腫是指肛管直腸周圍軟組織或周圍間隙發生的急性化膿性感染，膿性滲出物聚集形成膿腫。患者通常會出現肛周腫脹、疼痛等癥狀，嚴重時膿腫會破潰，流出膿液，形成凹洞。建議遵醫囑使用甲硝唑片、莫匹羅星軟膏等藥物來進行抗感染治療。還需要盡快行膿腫切開引流術，促進創口愈合。
此外，肛瘺、藏毛囊腫也有可能導致上述現象，建議患者及時前往醫院進行檢查，明確病因后進行針對性治療。