懷孕39天肚子隱隱的疼一般考慮生理原因、病理原因導致，若是生理原因，一般是正常現象，而病理原因包括先兆流產、宮外孕、急性胃腸炎等，一般屬于不正常的情況。
一、生理原因：孕早期孕期激素水平會明顯增高，子宮逐漸增大，子宮會壓迫周圍臟器，可能會導致腹部疼痛，伴有下腹部疼痛，屬于正常生理現象，通常無需過于擔心。
二、病理原因：1、先兆流產：胚胎染色體異常、母體免疫異常、母體感染、營養不良等，導致孕孕39天出現先兆流產，子宮壁在強烈刺激下產生痙攣、收縮，子宮供血不足，處于缺血狀態，骶神經將信息傳遞到大腦，會感覺肚子隱隱的疼；
2、宮外孕：胚胎未在子宮腔內著床，可能著床在輸卵管等部位，懷孕39天胚胎逐漸生長，可能會導致輸卵管等破裂，繼而出現肚子隱隱的疼的情況；
3、急性胃腸炎：孕期進食不潔食物，使胃腸道受到細菌、病毒感染，引發急性胃腸炎，在炎癥刺激下，腸道蠕動加快，從而發生腸痙攣，導致肚子隱隱的疼，伴有嘔吐、食欲減退的癥狀。
建議及時去醫院就診，明確病因，對癥治療。同時要注意休息，保證良好的睡眠時間，保持良好的生活習慣。飲食上以清淡、易消化的食物為主，如米粥、面食等，多吃水果和蔬菜，如白菜、蘋果等。