早晨大便后肚子一直隱隱的疼有可能是胃腸功能紊亂、急性胃腸炎、腸道息肉等疾病導致的，還需要根據不同的原因來選擇合適的治療措施。
1.胃腸功能紊亂：在暴飲暴食或者是過多進食油膩性食物之后，就有可能會加重胃腸道的負擔，也可能會導致胃腸功能紊亂，會引起腹部疼痛。可在醫生指導下通過口服乳酸菌素片、雙歧桿菌三聯活菌散等藥物進行治療。
2.急性胃腸炎：在受到病毒或者細菌感染之后，就有可能會造成急性胃腸炎發作，也可能會導致肚子疼痛、大便次數增多，引起大便呈水。可遵醫囑口服頭孢克肟分散片、利巴韋林片、蒙脫石散等藥物來治療。
3.腸道息肉：腸道息肉是長期受到慢性炎癥感染之后所造成的疾病，大便排出的時候會對腸道息肉造成一定的刺激，有可能會導致腹部輕微疼痛的癥狀。可以在醫生的指導下通過腹腔鏡下息肉切除術來做治療。
除了以上原因，也不排除是腫瘤導致的，還需要盡快到醫院做檢查明確病因。