臨床上并無咖啡什么時候喝最好的說法，多數情況下，咖啡在早餐后半小時、午餐后半小時、運動前半小時喝有不同的益處，可以根據自身的情況進行選擇。
早餐后半小時飲用咖啡，咖啡中的咖啡因可以刺激腸胃蠕動。在進食早餐后，腸胃開始消化食物，此時咖啡因能加速腸道的運動，有助于食物在胃腸道內更順暢地移動，預防便秘等消化問題。
午餐后半小時左右飲用咖啡有助于促進新陳代謝，咖啡因可以增加身體的能量消耗，幫助身體更有效地處理和消化午餐攝入的食物。而且午餐后，人體通常會出現血液流向消化系統，大腦供血相對減少而導致的困倦現象。咖啡中的咖啡因可以對抗這種困倦，使大腦保持清醒。
運動前半小時左右飲用咖啡也比較好，可以提高運動表現。咖啡因能促進脂肪分解，為身體在運動中提供更多的能量來源。在有氧運動中，身體可以利用咖啡刺激釋放出的脂肪酸作為燃料，增加耐力。同時，咖啡因還能增強肌肉收縮力，提高運動的爆發力和力量，對于一些高強度的間歇性訓練或力量訓練也有積極作用。
飲用咖啡要選擇合適的時間，根據自身身體狀況和日常安排調整。若因咖啡出現腸胃不適或睡眠問題，應調整飲用習慣，防止不當飲用時機或者飲用量導致身體異常現象。