導致牙洞里面長肉球的原因不同，其治療方法也是不一樣的。牙洞內的肉球有可能是長入齲洞內的牙齦息肉，還可能是牙髓組織受到長期慢性炎癥刺激導致的牙髓息肉。
牙齦息肉是由于齲洞過深形成穿孔后，牙齦組織通過穿孔處增生至齲洞內的，或齲洞旁邊的牙齦組織長至齲洞內的，一般需要在麻醉下切除息肉，然后去除齲洞內腐質并修補缺損。
牙髓息肉的來源是牙髓組織，牙髓組織由于炎癥發生的增生反應，是從根管內的牙髓組織生長出來的。需要根據具體病情選擇蓋髓術、牙髓切斷術、根管治療等治療方案。