氫氣無毒，是一種無臭無味的氣體，也不具有放射性和毒性，空氣中也有少量氫氣，因此吸入少量氫氣對人體沒有危害，甚至還可能對人體有益。但是不能吸入大量氫氣，否則可能會對身體造成影響。
氫氣不具有毒性，且氫氣具有選擇性抗氧化作用，對于疾病過程中的氧化損傷、細胞凋亡、炎癥反應和血管異常增生有一定的治療作用。氫氣已被運用于臨床治療各種疾病，如新生兒腦缺氧、心肌梗死、動脈硬化、帕金森病等疾病。
雖然氫氣無毒性，而且對人體部分疾病的治愈有一定好處，但是如果不慎大量吸入氫氣，可能會導致機體內氧氣的輸送、利用發生障礙，導致機體全身的組織細胞缺氧，從而出現缺氧性窒息。另外，氫氣是一種易燃易爆的氣體，氣溫過高或周圍有明火時，可能會有爆炸的風險，從而危害人體生命健康。