囊胚移植失敗后囊胚可能被自身吸收，或是隨著月經排出體外。具體內容如下：
囊胚移植后需要在子宮內尋找合適的位置著床，如果沒有著床成功或是著床前停止發育，容易導致移植失敗，此時在臨床上一般稱為生化妊娠。通常情況下，移植失敗的囊胚可能會被機體吸收，還有可能會隨著月經排出體外，但是無法通過肉眼發現。建議女性在移植后定期前往醫院復查血HCG檢查、孕酮檢查，如果相關檢查結果沒有出現持續且規律升高的情況，可能是提示囊胚移植失敗。
建議女性在移植期間注意休息，保持規律的作息；注意清淡飲食，戒煙禁酒，遠離二手煙。