六神丸和蒲地藍制劑通常不建議一起吃，兩種藥物作用基本相同，可以在中醫科醫生辨證指導下選擇其中一種服用，不要自行隨意用藥，以免藥不對癥延誤診治，或是導致不良事件發生。
六神丸主要具有清涼解毒、消炎止痛的作用，臨床上常用于治療熱毒內盛引起的咽喉腫痛、化膿性扁桃體炎，以及癰腫、疔癤等，但需要注意的是，由于六神丸中含有麝香，孕婦以及對麝香過敏的患者要禁用。蒲地藍制劑主要可起到清熱解毒、涼血利咽的作用，臨床上常用于治療癤腫、咽炎、淋巴腺炎等。兩種藥物的作用基本上相同，一起吃可能會導致作用疊加造成過量，沒有必要聯合使用，因此建議經中醫科醫生進行望診、問診等診斷后，在其指導下選擇其中一種使用。
另外需注意在服藥過程中要注意多喝水，避免食用辛辣刺激性食物，同時不能服用溫熱性的中藥，以免影響藥效發揮。