六神丸和藍芩口服液的區別是功效不同，作用不同。
1、功效不同：六神丸和藍芩口服液屬于生活當中比較常見的藥物，但是兩者藥物之間的功效并不相同，六神丸在使用之后主要可以起到清熱解毒的功效，藍芩口服液主要具有活血化瘀的作用。
2、作用不同：六神丸和藍芩口服液使用之后的作用不相同，六神丸但可以用于治療肺部疼痛，對于頭痛治療效果也是比較好的，但是藍芩口服液主要可以用于治療咽喉炎，有利于咽喉部位所出現疼痛癥狀可以得到明顯改善。