通常情況下，六神丸治扁平疣起不到好的治療效果，不建議患者擅自使用。
六神丸是具有清熱解毒、消腫利咽、化腐止痛的功效，一般用于喉痹、喉風、喉癰、乳蛾、癤腫的治療。但治療扁平疣起不到效果。扁平疣是人乳頭瘤病毒感染皮膚所致的疾病，多發生在面部、手背及前臂等部位，往往表現為數目較多的頂部扁平的小丘疹，一般沒有自覺癥狀，偶爾會有瘙癢感。如果確診為扁平疣，建議患者遵醫囑使用維A酸乳膏、咪喹莫特乳膏等藥物進行治療，能夠促進皮損部位的表皮脫落，從而達到治療效果。
由于扁平疣具有傳染性，建議患者在日常生活中要注意衛生，避免搔抓，飲食應保證清淡易消化，忌辛辣刺激性食物、海鮮產品。