頸部皮膚較為薄嫩，頸部扁平疣最佳治療方法是激光治療，能減少疤痕產生，除此之外，還有冷凍治療、外用藥物治療和口服免疫調節藥物或中醫治療。
對于長在脖子上的扁平疣，首先是不要搔抓，因為有可能會引起其自身接種傳播。激光祛除扁平疣創傷小，療程短，術后疤痕小，是臨床上較為常用的治療方法。
除去激光治療，還有冷凍治療，通過液氮低溫冷凍祛除疣體，這種治療方式較為便廉，短時間內容易留下色素沉著。
扁平疣也可以選擇藥物治療，局部外涂維A酸霜聯合干擾素凝膠或者用鬼臼毒素、咪喹莫特軟膏、氟尿嘧啶軟膏、三氯乙酸等腐蝕疣體等。但是使用腐蝕劑一定注意保護局部皮膚，注意皮膚的反應，以免由于藥物的刺激性造成嚴重后果。
比較頑固的扁平疣，還可以考慮使用一些免疫調節藥物，比如口服左旋咪唑、轉移因子等免疫調節劑來進行輔助治療。對于這類患者，也可以進行中醫治療。