地衣芽孢桿菌和雙歧桿菌不是同一種細菌，有一定的區別。雖然二者都可以起到一定的調節胃腸道菌群失調的作用，但是地衣芽孢桿菌和雙歧桿菌在生存習性、治療機制、臨床應用等方面均有所不同。
1、生存習性：地衣芽孢桿菌在土壤中較為常見，屬于需氧菌。而雙歧桿菌主要廣泛存在于人和動物的消化道、陰道和口腔等生物環境中，屬于厭氧菌；
2、治療機制：地衣芽孢桿菌主要通過奪氧效應消耗腸道中的氧氣，使腸道中的需氧菌無法生存，促進厭氧菌的生長，起到調節腸道菌群的作用。雙歧桿菌則通過產生乳酸和乙酸以降低腸道pH值，從而抑制腸道中不耐酸的有害菌生長，也可以產生雙歧桿菌素，發揮抗菌作用，有助于調節腸道菌群；
3、臨床應用：地衣芽孢桿菌和雙歧桿菌都可以用于腸道菌群失調的防治，但地衣芽孢桿菌還可以用于細菌或真菌引起的急、慢性腸炎及腹瀉。