吃了感冒藥反而喉嚨痛可能與病程的自然發展有關，也可能是藥不對癥、咽炎等原因導致的。具體分析如下：
1.病程的自然發展：感冒起病較急，潛伏期一般為1-3天，主要表現為打噴嚏、鼻塞、流清水樣鼻涕等，而潛伏期之后，可能會表現為鼻涕變稠、咽痛、流淚等，所以吃了感冒藥反而喉嚨痛可能與病程的自然發展有關。一般來說，建議患者繼續按醫囑使用芎菊上清丸、阿司匹林片、感冒清熱顆粒等藥物進行治療。
2.藥不對癥：感冒是一種常見的急性上呼吸道病毒性感染性疾病，通常可以使用解熱鎮痛藥、非甾體抗炎藥等進行治療，比如對乙酰氨基酚片、吲哚美辛腸溶片、布洛芬緩釋膠囊等，如果藥不對癥，沒有起到緩解咽痛的作用，也可能會導致吃了感冒藥反而喉嚨痛。
3.咽炎：咽炎是發生于咽黏膜、黏膜下組織的炎癥，臨床癥狀一般有咽痛、咽部灼熱、咽部異物感、吞咽不適等，如果在感冒時并發咽炎，可能會導致患者出現吃了感冒藥反而喉嚨痛的情況。如果出現這種情況，患者可以按醫囑使用薄荷喉片、西地碘含片、銀黃含片等藥物進行治療。