一般情況下，扁桃體發炎半個腦袋跳著疼主要是炎癥因子刺激引起的，需要積極采用藥物治療的方式來緩解癥狀，具體分析如下：
如果患者存在扁桃體發炎的情況，身體就會釋放炎癥因子，可能會對神經造成刺激，引起發熱、頭痛的癥狀。扁桃體發炎的患者可以在醫生的指導下服用頭孢克洛顆粒、頭孢克肟分散片、蒲地藍消炎口服液、甘桔清咽顆粒等藥物進行治療。
治療期間患者要注意清淡飲食，不要吃辛辣、油膩的食物，比如火鍋、燒烤、炸雞、蹄髈等，有利于身體恢復。