無癥狀的先天性馬蹄腎一般不嚴重，存在并發癥的情況下，可能比較嚴重。
先天性馬蹄腎是指兩側腎的上極或下極在脊柱大血管前相互融合在一起，形成馬蹄形的先天性腎畸形。該情況多發生在胎兒早期，上極融合大多發生較遲，約在第9周，大部分為下極融合，只有少數為上極融合，兩腎融合的部位稱為峽部。
部分患者可全無癥狀，此時一般不嚴重，可以不用過于擔心，通常不需要進行針對性治療。但是部分患者由于腎融合后阻礙其正常上升和旋轉，位于盆腔內或稍高的位置，其輸尿管較短，可出現腰部疼痛、尿頻、膿尿和下腹部包塊等臨床表現，部分患者還可能合并腎小球腎炎，也可能出現腎盂積水、感染和結石形成等并發癥，此時可能較為嚴重，會影響患者的日常生活和身體健康。
有腎盂積水、尿路梗阻伴有嚴重腰肋疼痛，并嚴重影響工作和生活的患者，可就醫進行輸尿管松解、峽部切斷分離兩腎及腎盂輸尿管成形固定術。如并發結石或嚴重腎盂積水，在必要時患者需要就醫切除或部分切除腎臟。
治療期間要多喝水，避免久坐，可根據自身情況進行適度的運動，如散步、騎自行車、打籃球等，可以幫助改善患者的生活質量，提高身體素質。